Im Zuge der Wiederverleihung der Wasserrechte von zwei Kraftwerken am Ilz-Unterlauf wurde ein umfangreiches, mehrjähriges Monitoring vorgeschrieben, wobei vor allem die beantragte Restwassermenge, die Wirkung des Schwellbetriebs, sowie die Wirkungen verschiedener Begleitmaßnahmen (Kiesschüttungen, Einbau von Störsteinen und Totholz, Umbau von Fischwanderhilfen etc.) zu untersuchen sind.

Spezielles Augenmerk wird dabei auf die FFH-Art Huchen gelegt, die in Hinblick auf die Schutzziele der beiden betroffenen Natura 2000 Gebiete von Bedeutung ist. Durch in situ Erbrütungsversuche („Cocooning“) wird an der Ilz die Auswirkung eines adaptierten Schwellbetriebs auf die Entwicklung von Hucheneiern untersucht. Anschließend durchgeführte Jungfischerhebungen geben über die weitere Entwicklung der entlassenen Huchen-Embryonen Aufschluss. Die Entwicklung des Fischbestands in Reaktion auf die gesetzten Maßnahmen sowie die Funktionsfähigkeit der Fischwanderhilfen wird durch Elektrobefischungen und Reusenerhebungen untersucht.