Der Lech samt breiter Vorländer und vieler Nebengewässer im Projektgebiet ist als FFH-Gebiet „Lechauen zwischen Königsbrunn und Augsburg“ ausgewiesen. Es kommen dort die Schutzgüter Koppe und Huchen vor. Die Bestände dieser Arten wurden mittels watender Elektrobefischungen bzw. Streifenbefischung des Hauptflusses erhoben. Defizite und Schlüsselhabitate wurden im Gebiet kartiert. Zur Erreichung der Erhaltungsziele wurden umfangreiche Maßnahmen entwickelt und dargestellt, darunter vor allem Aufweitungen des Hauptflusses, Herstellung der longitudinalen und lateralen Durchgängigkeit, verträglicher Schwellbetrieb und Geschiebebewirtschaftung. Dabei waren verschiedene Nutzungen, insbesondere Trinkwassernutzungen und Hochwasserschutzerfordernisse mit zu berücksichtigen. Die Ergebnisse sind in einem umfassenden Managementplan samt Kartenwerken dargestellt.