Das Natura 2000 Gebiet „Eferdinger Becken“ umfasst die Donau stromauf von Linz einschließlich der begleitenden Auwälder sowie die Unterläufe der Zubringer Aschach und Innbach. Zahlreiche Schutzgüter der FFH-Richtlinie haben hier ihren Verbreitungsschwerpunkt innerhalb Oberösterreichs. Dazu zählen Schlammpeitzger, Balkan-Goldsteinbeißer, Bitterling, Steingressling, Frauennerfling, Flussmuschel und Juchtenkäfer. Im Gebiet wurden in den letzten Jahren sehr großräumige Renaturierungsmaßnahmen wie der Donau-Nebenarm Marktau und der Dynamische Umgehungsarm KW Ottensheim-Wilhering umgesetzt. Im Rahmen der Erstellung eines Managementplans werden in einem interdisziplinären Team die für die Erhaltung der Schutzgüter notwendigen Maßnahmen erarbeitet und mit den betroffenen Stakeholdern abgestimmt.
Für den Managementplan wurden sehr umfangreiche Befischungsdaten gesammelt und Verbreitungskarten für die einzelnen Schutzgüter erstellt. Gebietsspezifische Gefährdungsfaktoren wurden analysiert und die wesentlichen Lebensraumdefizite festgehalten sowie Erhaltungs- und Wiederherstellungsmaßnahmen erarbeitet. Im aquatischen Bereich umfassen diese u.a. Strukturierungsmaßnahmen im Hauptstrom der Donau, die Neuschaffung und Aufwertung von Altwässern und die Wiederherstellung von fließgewässertypischen Habitaten in Aschach und Innbach. Die vorgeschlagenen Maßnahmen wurden mit Vertretern aus den Fachbereichen terrestrische Ökologie, Fischerei, Schutzwasserwirtschaft und Forstwirtschaft abgestimmt.
Der Managementplan dient als Grundlage für die Gebietsbetreuung, im Zuge derer wir für alle die Donau betreffenden Aspekte verantwortlich sind. Das Aufgabengebiet umfasst die Vorprüfung der FFH-Verträglichkeit von Projekten, die Überwachung der Einhaltung geltender Bestimmungen und Vereinbarungen, Öffentlichkeitsarbeit und die Umsetzung von Maßnahmen.